Prinzipiell erhält man einen Bonus, je nachdem wie viele Arbeiter eine Siedlung/Kapitol bevölkern. Wenn der Bonus z.B. 100% beträgt und ein Arbeiter 15 Gold sammelt und abliefert, erhält man 30 anstatt 15 Gold gutgeschrieben. Dies gilt für alle Mineralien (Gold/Eisen/Stein) nicht aber für Nahrung oder Holz.
Um überhaupt einen Bonus zu bekommen müssen die Ressourcenquelle und die Abladestelle nicht mehr als 4 Felder weit von von einander entfernt sein. Es dürfen also maximal 3 Felder zwischen der Kante des Vorkommens und der Siedlung sein. Das Spiel merkt sich auch woher die Mineralien kommen, es geht also nicht die Mineralien an einer Siedlung abzuladen die nahe genug an einem Vorkommen derselben Sorte ist. Als Beispiel: eine Siedlung zwischen 2 Goldvorkommen, die 2 Felder vom einen und 6 Felder vom 2. Goldvorkommen entfernt ist, gibt den Bonus nicht für die Arbeiter vom 2. Vorkommen, sondern nur vom 1. Vorkommen.
Welchen Bonus erhält man denn nun? Hier eine Tabelle: (eine normale Grube ergibt keinen Bonus)

Um eine Siedlung zum Stadtzentrum "aufzuwerten" muss ich sie also mit 5 Arbeitern bevölkern, was mich die 5 Arbeiter, also umgerechnet 250 Nahrung kostet. Als Vorteil erhalte ich einen 25% Bonus und kann in der Siedlung weitere Arbeiter produzieren. Zum Vergleich habe ich mal aufgelistet wie viel Nahrung mich 1% kostet und wie viel Prozent 1 Arbeiter bringt.
Meiner Meinung nach ist eine Aufwertung der Siedlung zum Stadtzentrum auf jeden Fall eine gute Strategie, sofern man genug Nahrung hat und die Arbeiter entbehren kann.
Bei der Frage, ob man eine Siedlung zum Kapitol aufwerten sollte und 10 weitere Arbeiter "verschwendet", scheiden sich die Geister. Gerade bei länger andauernden Spielen mag das eine gute Strategie sein, denn man hat zum einen meist einen Nahrungsüberschuss und zum anderen kann man nicht mehr problemlos weitere Mineralienvorkommen erschließen. Vergleichbar in etwa mit der Forschung die einem einen Bonus beim Abbau von Mineralien gibt, dort ist man auch bereit kostbare Ressourcen auszugeben, warum also nicht auch bei Siedlungen, die man zu einem Kapitol aufwertet.
Ob man nun ein Kapitol zu einem vollen Kapitol aufwerten sollte ist äußerst fraglich. Ich selbst habe es noch nie gemacht und auch noch von keinem gehört der es befürwortet.
Achtung: sollte man einen Sammelpunkt aus Versehen auf eine Siedlung/Kapitol gesetzt haben, dann kommt es vor, das die produzierten Einheiten direkt diese Siedlung/Kapitol bevölkern und dann natürlich nicht zur Verfügung stehen.
Update:* scheinbar sind die Bevölkerungen und die damit zusammenhängenden Boni linear bis zum jeweiligen Umschlagspunkt. Sprich: wenn 2 Arbeiter eine Siedlung bevölkern erhalte ich zusätzlich 10%, wenn 2 Arbeiter ein Stadtzentrum bevölkern erhalte ich zusätzlich 5% usw.

Prinzipiell kann man eine Mühle mit 8 Arbeitern bevölkern um einen 25% Bonus zu erhalten. Man muss also 400 Nahrung ausgeben um 25% Bonus zu erhalten (15 Nahrung pro 1%-Punkt). Dies sollte man eigentlich nur in Erwägung ziehen, wenn man entweder sehr wenig Platz hat oder sehr wenig Holz, ansonsten würde ich immer eine weitere Mühle bauen und damit 100% mehr Nahrung abbauen.